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Apache2の設定を以下のように変更する必要がある

1.CGIプログラムを設置するディレクトリの指定
　以下ファイルの内容を編集
　/etc/apache2/sites-available/default
　←CGIプログラムを動作させたいディレクトリ
　以下の行を追記もしくは編集する
　Options FollowSymLinks MultiViews ExecCGI

2.CGIスクリプトとして動作させる拡張子を認識させる
　以下ファイルの内容を編集
　/etc/apache2/mods-available/mime.conf
　以下の行を追記もしくは編集する*1
　AddHandler cgi-script .cgi .pl

3.Apache2の再起動
　/etc/init.d/apache2 restart

*1:コメントアウトされているだけの可能性があるので、コメントを解除する